Năm 1969, cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước của nhân dân Việt Nam bước vào thời kỳ ác liệt nhất, Đế quốc Mỹ tiến hành ném bom, bắn phá nhằm hủy diệt miền Bắc xã hội chủ nghĩa. Mặc dù vừa phải đánh trả không quân Mỹ bảo vệ Hà Nội, bảo vệ miền Bắc, vừa tiếp tục tập trung sức người, sức của để chi viện cho chiến trường miền Nam; Đảng và Chính phủ vẫn luôn quan tâm đến việc chăm lo sức khỏe cho nhân dân nói chung và đồng bào dân tộc nói riêng. Trước tình hình bệnh bướu cổ phổ biến ở các tỉnh miền núi phía Bắc, Chính phủ, Bộ Y tế đã quyết định thành lập Bệnh viện Nội tiết nhằm thực hiện các hoạt động phòng chống bệnh bướu cổ, bảo vệ sức khỏe nhân dân.
Các Quyết định pháp lý bao gồm:
1. Quyết định số 16-CP của Hội đồng Chính phủ ngày 25/1/1969 về công tác phòng và chữa bệnh bướu cổ cho đồng bào các dân tộc miền núi.
2.Thông tư số 11/BYT-TT ngày 30 tháng 4 năm 1969 hướng dẫn thi hành Quyết định số 16-CP ngày 25 tháng 1 năm 1969 của Hội đồng Chính phủ.
Quyết định số 906/BYT-QĐ ngày 16 tháng 9 năm 1969 về việc thành lập Bệnh viện chuyên khoa trực thuộc Bộ Y tế lấy tên là Bệnh viện Nội tiết.
Hình ảnh những năm tháng trong thời kỳ đầu tiên cán bộ bác sỹ của Bệnh viện Khám bướu cổ cho người dân khu vực phía bắc
năm 1969 về việc thành lập Bệnh viện chuyên khoa trực thuộc Bộ Y tế lấy tên là Bệnh viện Nội tiết.
4.Thông tư số 45/BYT-TT ngày 1 tháng 12 năm 1970 của Bộ Y tế hướng dẫn việc thành lập Bệnh viện Nội tiết trực thuộc Bộ Y tế. Quy định vị trí, chức năng, nhiệm vụ, tổ chức, bộ máy, quan hệ công tác và lề lối làm việc của Bệnh viện Nội tiết.
Thành lập trong giai đoạn ác liệt của chiến tranh, điều kiện kinh tế, xã hội còn hết sức khó khăn, thiếu thốn, nên Bệnh viện gặp rất nhiều khó khăn để triển khai hoạt động. Nhân lực Bệnh viện ban đầu chỉ gồm 5-7 cán bộ được Bộ Y tế điều chuyển về Bệnh viện:
1.BS. Đặng Trần Duệ - Phó giám đốc Bệnh viện B về giữ chức vụ quyền Giám đốc Bệnh viện.
2.BS. Nguyễn Viết Tri – Chuyên viên Cục Phòng bệnh Chữa bệnh Bộ Y tế (nay là Cục Quản lý Khám chữa bệnh) về phụ trách Phòng chỉ đạo tuyến.
3.Ông Nguyễn Hoàng Long – Nguyên Trưởng ty Y tế tỉnh Lai Châu về giữ chức vụ Phó Giám đốc Bệnh viện.
4.Ông Nguyễn Văn Giản – Nguyên Trưởng phòng Tổ chức cán bộc Y tế Vĩnh Linh về giữ chức vụ Trưởng phòng Quản trị hành chính.
5.DS. Nguyễn Trung Chính – Nguyên giáo viên Trưởng Đại học Dược khoa Hà Nội về giữ chức vụ Trưởng khoa xét nghiệm.
6.YS. Nguyễn Đức Phái – cán bộ Khoa Nội, Bệnh viện Bạch Mai về Phụ trách Y vụ.
7. YS. Nguyễn Thị Miên từ Phòng Y vụ của Bệnh viện Hữu nghị Việt Xô về làm Phó Giám đốc.
Sau đó, một số cán bộ được bổ sung từ các đơn vị khác về Bệnh viện, bao gồm:
- Nguyễn Thị Vân BS. Đào Đắc Quyền BS. Lâm Đình Phúc
- Nguyễn Thị Bích Được KTV. Nguyễn Thị Thắm DT. Nguyễn Thị My
Đ/c. Vương Thị Vũ YS. Nguyễn Hiền
Nguyễn Huy Thịnh Đ/c Nguyễn Đình Lư
Đ/c Nguyễn Thị Kim Dung KTV. Nguyễn Phương Khanh YS. Nguyễn Quang Kha
Bộ Y tế cấp cho Bệnh viện một chiếc xe con Gaz 69 cũ cùng một lái xe là đ/c Bê để đi công tác miền Núi.
Vừa thành lập, xây dựng đơn vị, Bệnh viện vừa bắt tay vào công tác chuyên môn, nhưng vẫn phải lo thường trực với mọi hiểm họa, đánh phá của máy bay Mỹ.
PGS Đặng Trần Duệ, nguyên Giám đốc đầu tiên của Bệnh viện thực hiện công tác sàng lọc bướu cổ cho đồng bào miền núi
Hoạt động phòng chống bệnh bướu cổ khu vực miền núi phía Bắc. Sau đó Khoa điều trị nội trú, Khoa Khám bệnh được thành lập khám và điều trị bệnh nhân mắc các bệnh nội tiết nhưng chủ yếu vẫn là các bệnh lý tuyến giáp.
Năm 1993, với sự hỗ trợ của các tổ chức quốc tế, Điều tra tình trạng thiếu I ốt lần đầu tiên được tiến hành trên phạm vi toàn quốc. Kết quả điều tra cho thấy, 94% dân số Việt Nam sống trong vùng thiếu I ốt.
Với kết quả điều tra này, Bệnh viện Nội tiết đã báo cáo Chính phủ, Bộ Y tế về tình trạng thiếu I ốt tại Việt Nam. Năm 1995, Chương trình Quốc gia Phòng chống các rối loạn thiếu I ốt ược thành lập. Bệnh viện Nội tiết là đầu mối chịu trách nhiệm triển khai các hoạt động phòng chống các rối loạn thiếu I ốt (CRLTI) trên phạm vi toàn quốc.
Dưới sự chỉ đạo của Chính phủ, Bộ Y tế và sự giúp đỡ của các Tổ chức quốc tế như UNICEF, ICCIDD, CEMUBAC, AUSAID, Chương trình Quốc gia Phòng chống các rối loạn thiếu I ốt đã hoàn thành việc thanh toán tình trạng thiếu I ốt tại Việt Nam. Thành công này được các Tổ chức quốc tế đánh giá cao.